L'Enterprise, danneggiata, esce dall'iperpropulsione a 283. 000 km dalla Terra (come viene detto nel film), ma poco dopo si vede che si trova molto vicina alla Luna, che invece si trova - in media - a 384. 000 km dal nostro pianeta.

L'Enterprise comncia a cadere verso la Terra, attirata dalla sua gravità, solo che essendo così vicina alla Luna dovrebbe cadere su quella, trovandosi nella zona in cui la gravità del nostro satellite prevale .

Per tutta la prima parte del film si può notare che sulle spalline dell'Amm. Pike ci sono 4 stemmini che indicano il suo grado proprio come sulle spallini del capitano Kirk questo non ha senso perchè i due gradi dovrebbero avere un numero diverso di stemmini infatti all'ingresso in scena dell'Amm. Marcus sono presenti, giustamente, 5 stemmini sulle spalline mentre su Spock che è un primo ufficiale (1 grado in meno del capitano) ne troviamo 3.

Ad inizio film viene fatto vedere che per rendere inerte il vulcano attivo Spock inserisce al suo interno una bomba a fusione fredda che esplodendo congela tutto il vulcano. Questo non ha senso perchè la bomba a fusione fredda dovrebbe produrre gli stessi effetti di una normale bomba atomica con l'unica differenza che la reazione avviene ad una temperatura più bassa (ma sempre molto elevata) rispetto alla fusione a caldo e sicuramente non ha l'effetto di congelare la zona circostante all'esplosione.

In una scena il cattivo, dopo aver scatenato l'inferno alla riunione del Consiglio sulla Terra, pigia un pulsante e si ritrova teletrasportato. . . su Qo'noS, il pianeta natale dei Klingon!! Se esistesse un teletrasporto così potente da funzionare da pianeta a pianeta, le astronavi a cosa servirebbero?

L'ammiraglio Marcus sta costruendo una nave da battaglia ultrapotente in gran segreto in una base spaziale vicino Giove. . . peccato che tenga il modellino di quella stessa nave in bella vista sulla sua scrivania, come si vede nelle fasi iniziali del film, quando parla con Kirk nel proprio ufficio.

Al minuto 109 , mentre Kirk sta morendo a causa delle radiazioni, Spock poggia la mano sul vetro e ricambia il saluto vulcaniano. Nel momento in cui la mano di Kirk sta cadendo , dall'inquadratura alle spalle di Spock, si vedono le dita di Spock riaprirsi ma al cambio d'inquadratura ritorna il saluto vulcaniano.

Quando la dottoressa Marcus e McCoy aprono il siluro fotonico trovano un corpo ibernato. McCoy dice a Kirk che è da che hanno sviluppato la curvatura che gli umani non ibernano più nessuno. Quindi ha "almeno 300 anni". Il film è ambientato nel 2259. Il primo volo a curvatura è stato compiuto dal dr. Cochrane il 5 aprile 2063. Quindi, considerando che il corpo nella capsula criogenica non dimostra più di 30 anni, McCoy avrebbe dovuto dire "almeno 200 anni".

Quando Khan è sulla avenger con kirk e gli altri in ostaggio, dice a Spock che per riavere i suoi compagni nascosti nei siluri è disposto a colpire il sistema del supporto vitale della Enterprise, poichè lui e i suoi compagni non hanno bisogno di ossigeno, a differenza di tutti gli altri. E dice "colpirò il vostro suppotto vitale, situato dietro la gondola di poppa" (almeno, in italiano. In inglese non ho ancora avuto la fortuna. Mi affido a voi) . . . . Ora, le gondole sono a babordo e a dritta (sinistra e destra) . E dietro le gondole ci sono gli scarichi del plasma e la bobina di ripristino della matrice spaziale. Al massimo sarebbe dietro uno dei piloni, ma comunque sullo scafo centrale. Nella NCC 1701-A ci sono 2 sistemi di supporto vitale. Uno situato 2 ponti più in basso dell'hangar navette, posizionato in mezzo allo scafo centrale, sul ponte R, quindi abbastanza protetto in caso di impatto da siluri. L'altro nella parte inferiore posteriore della sezione a disco, sul ponte I.

Quando decidono di smontare i siluri fotonici,decidono di farlo per sicurezza su un planetoide. Ebbene un planetoide non potrebbe mai avere un atmosfera con pressione ,temperatura e livello di ossigeno atta a far sì che potessero scendere su quel suolo senza una adeguata protezione con tuta e casco.

Kirk viene ridotto in fin di vita dalle radiazioni del nucleo, ma non mostra nessun sintomo dell'avvelenamento da radiazioni (perdita di capelli, nausea, vomito, ecc. ) che si manifestano dopo pochi minuti nei casi acuti (come il suo)

Per ben 3 volte nel corso del film, il sangue geneticamente modificato di Khan viene utilizzato per salvare una vita (la bambina all'inizio, il tribolo e Kirk alla fine). Ma le tecnologie del 23° secolo permettono di aggirare il problema della differenza di gruppo sanguigno (anche tra umani e animali), oppure è il sangue geneticamente superiore di Khan che si adatta a ogni organismo?

Quando l'ammiraglio Marcus teletrasporta Carol dall'Enterprise alla Vengeance, l'Enterprise ha ancora gli scudi alzati. Ma con gli scudi attivi il teletrasporto dovrebbe essere bloccato, tanto è vero che più tardi, per permettere a Khan di teletrasportare i siluri sulla Vengeance, l'Enterprise abbassa gli scudi.

Quando l'Enterprise viene raggiunta dalla Vengeance, Kirk fa alzare gli scudi e in seguito ordina espressamente a Sulu di "NON abbassarli", perciò si suppone che quando l'Enterprise parte a Curvatura verso la Terra, gli scudi siano ancora attivi. Non mi risulta peròche gli scudi funzionino anche a velocità Curvatura.

Quando Kirk e Khan escono dal boccaporto dell'Enterprise per raggiungere la Vengeance, l'Enterprise ha ancora gli scudi alzati. Ma poiché gli scudi sono campi di forza, non dovrebbero essere abbassati per permettere a oggetti e persone di uscire o entrare? Almeno in Star Trek V funzionava così per le navette. Anche se questa è un'altra linea temporale, i princìpi dovrebbero essere gli stessi

Al minuto 20, durante la discussione tra Pike e Kirk nel locale, nell'inquadratura laterale, Kirk solleva il bicchiere che appare pieno per metà ma, al cambio d'inquadratura (frontale), il bicchiere è quasi vuoto.

Al minuto 56, mentre Kirk si sfoga a suon di pugni su Khan, Spock impugna un'arma, la cui posizione cambia ad ogni inquadratura: è tenuta o in corrispondenza del petto o in corrispondenza del ventre.

Al minuto 57, mentre Khan viene portato sull'Enterprise, Uhura bacia Spock inclinando la testa alla sua destra ma, nell'inquadratura alle spalle di Spock, la testa di Uhura è inclinata alla sua sinistra.

Al minuto 105 Kirk e Scott scoprono che gli alloggiamenti del reattore di curvatura sono disallineati. Uno di questi è piegato verso sinistra quindi, per poterlo riallineare, bisognerebbe applicare pressione o sul lato sinistro (spingendo verso destra) o sulla base del lato destro. Invece si vede Kirk calciare la punta verso sinistra, aumentando di conseguenza l'inclinazione.

Al minuto 116 Spock, mentre insegue Khan, salta da un mezzo volante ad un altro. L'atterraggio non è perfetto e Spock inizia a rotolare rimanendo appeso con un braccio; quando riesce a risalire, il vulcaniano si trova a meno di 1 metro dal bordo del mezzo ma, quando Khan sferra un calcio, nell'inquadratura dall'alto, Spock non si trova più vicino al bordo bensì al centro del mezzo.